Tượng Nguyễn Bỉnh Khiêm tại Văn miếu Trấn Biên (Đồng Nai)Không gian phía trước tượng đài Trạng Trình trong quần thể Khu di tích và đền thờ Trình quốc công Nguyễn Bỉnh Khiêm, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, thành phố Hải Phòng.Một góc phía trước đền thờ Trạng Trình trong quần thể Khu di tích và đền thờ Trình quốc công Nguyễn Bỉnh Khiêm, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, thành phố Hải Phòng.Một góc vườn tượng trong quần thể Khu di tích Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm.

Năm 1985, tại Thành phố Hải Phòng, Ủy ban nhân dân thành phố Hải Phòng phối hợp với Ủy ban Khoa học Xã hội Việt Nam tổ chức Hội thảo khoa học về Danh nhân văn hoá Nguyễn Bỉnh Khiêm nhân kỷ niệm 400 năm ngày mất của ông. Tại hội thảo này, các nhà khoa học đã đánh giá, khẳng định về tầm vóc của Trạng Trình và ghi nhận những đóng góp của Nguyễn Bỉnh Khiêm với thời đại ông sống cũng như với lịch sử dân tộc.

Năm 1991, tại Thành phố Hồ Chí Minh, Viện Khoa học Xã hội Việt Nam và Sở Văn hoá Thông tin Thành phố Hồ Chí Minh đã tổ chức cuộc Hội thảo khoa học kỷ niệm 500 năm ngày sinh Nguyễn Bỉnh Khiêm với chủ đề "Nguyễn Bỉnh Khiêm trong sự phát triển văn hoá dân tộc".

Cũng trong năm 1991, khu di tích gắn với cuộc đời và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm tại thôn Trung Am, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, thành phố Hải Phòng đã được Nhà nước công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia.

Cuối năm 2000, nhân kỷ niệm 415 năm ngày mất của Trạng Trình, Ủy ban nhân dân Thành phố Hải Phòng cho khởi công xây dựng dự án nâng cấp tạo dựng cả một vùng rộng lớn thành quần thể "Khu di tích danh nhân văn hóa Nguyễn Bỉnh Khiêm" tại thôn Trung Am, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo với nhiều hạng mục công trình: Đền thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm với ba gian tiền đường, hai gian hậu cung, phía trước có hai hồ nước tượng trưng cho trời và đất, bức hoành phi trong đền ghi 4 chữ "An Nam Lý Học"; Khu vực hồ Thái Nhâm phía trước đền thờ, trên khoảng đất nhỏ giữa hồ có cầu bắc qua còn lưu giữ tấm bia đá làm năm Vĩnh Hựu thời Lê Trung Hưng (1736) ghi lại việc làm đền thờ Trạng và tên những người đã đóng góp xây dựng đền; Ngôi nhà ba gian lợp cói dựng phía sau đền, mô phỏng am Bạch Vân, nơi Nguyễn Bỉnh Khiêm sau khi từ quan về dạy học; Quần thể vườn tượng, với kích thước tương đương người thật, diễn tả lại cuộc đời, cảnh dạy học khi xưa của Trạng Trình, tạo nên một khung cảnh gần gũi và sống động với du khách; Phần mộ cụ Nguyễn Văn Định, cha của Trạng Trình (riêng phần mộ của Trạng Trình đến nay vẫn chưa có thông tin chính thức về địa điểm cụ thể); Nhà trưng bày về thân thế và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm; Quán Trung Tân, nơi lưu giữ quan niệm mới về chữ "Trung" hướng lòng theo "Chí Trung Chí Thiện"; Khu vực tượng đài Nguyễn Bỉnh Khiêm bằng đá granit cao 5,7m, nặng 8,5 tấn cùng hai bức phù điêu diễn tả lại cuộc đời sự nghiệp của Trạng Trình và lịch sử của địa phương, phía trước tượng đài là hồ bán nguyệt rộng 1.000m²; Chùa Song Mai, Nhà thờ tổ là nơi thờ bà Minh Nguyệt, người vợ thứ ba của Trạng Trình đã từng tu hành tại đây; Tháp Bút Kình Thiên với ngụ ý ca ngợi công đức Trạng Trình như cột trụ chống trời. Khu di tích được xây dựng khang trang đã trở thành điểm du lịch văn hóa lớn của TP. Hải Phòng.

Nhân kỷ niệm ngày mất của ông, giáo sư Vũ Khiêu viết Chúc văn tưởng niệm Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm, sau được in trong tập “Danh nhân văn hoá Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm” do Nhà xuất bản Hải Phòng ấn hành năm 2001 có đoạn: "Ngoài vòng danh lợi: đôi làn mây trắng bay cao Trong cuộc bể dâu: một tấm lòng son chẳng đổi"[95]

Trên quê ngoại ông ở thôn Nam Tử, xã Kiến Thiết, huyện Tiên Lãng, Nguyễn Bỉnh Khiêm cũng được thờ cùng với mẹ Nhữ Thị Thục và ông ngoại Nhữ Văn Lan tại Từ đường họ Nhữ - Nguyễn trong quần thể di tích có lăng mộ của vợ chồng Tiến sĩ Thượng thư Nhữ Văn Lan cùng con gái Nhữ Thị Thục (mẹ của Trạng Trình).

Văn miếu Mao Điền ở Hải Dương và Văn miếu Trấn Biên ở Đồng Nai đều có tượng và bài vị thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm.

Đình làng Thanh Am (tên cũ là Hoa Am) thuộc phường Thượng Thanh, quận Long Biên, Hà Nội ngày nay, được xây dựng từ cuối thế kỷ XVI là nơi thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm như một vị Thành hoàng của làng. Tên gọi cũ là Hoa Am cũng do Nguyễn Bỉnh Khiêm lúc sinh thời đặt cho làng trong thời gian ông làm quan dưới triều Mạc. Khi về già, ông vẫn lui tới đây khuyên dân làm nghề nông nuôi tằm ươm tơ dệt lụa. Khi ông mất, nhân dân ghi nhớ công lao, tôn sùng ông là một trong các vị Thành Hoàng của làng. Cụm đình, chùa làng Thanh Am có bề dày lịch sử với những sắc phong, thần phả, sấm ký và nhiều tư liệu còn giữ.[96]

Đạo Cao Đài đã phong thánh cho Nguyễn Bỉnh Khiêm và suy tôn ông là Thanh Sơn Đạo sĩ hay Thanh Sơn Chơn nhơn, là một trong ba vị thánh linh thiêng của Đạo. Bức tranh Tam Thánh ký hòa ước lưu thờ tại Tòa Thánh Tây Ninh có vẽ chân dung của Nguyễn Bỉnh Khiêm bên cạnh Victor Hugo và Tôn Trung Sơn.

Ngày 7 tháng 1 năm 2016 (tức ngày 28 tháng 11 năm Ất Mùi), tại Khu di tích và đền thờ Trình quốc công Nguyễn Bỉnh Khiêm thuộc xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, UBND Thành phố Hải Phòng đã trọng thể kỷ niệm 430 năm ngày mất của ông và đón nhận bằng xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt do Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc thay mặt Chính phủ trao tặng. Buổi lễ đã được truyền hình trực tiếp trên sóng VTV2 của Đài truyền hình Việt Nam. Đây là di tích quốc gia đặc biệt thứ hai của Hải Phòng sau danh lam thắng cảnh quần đảo Cát Bà được xếp hạng vào năm 2013.

Tên của Nguyễn Bỉnh Khiêm đã được lấy đặt cho nhiều con đường, trường học trên khắp đất nước. Tại Hải Phòng có một con phố mang tên Trạng Trình và con đường mang tên Nguyễn Bỉnh Khiêm. Tại Thành phố Hồ Chí Minh (Sài Gòn), đường Nguyễn Bỉnh Khiêm thuộc phường Bến Nghé, quận 1 (được đổi từ tên đường Angier vào năm 1955) là một trong những con đường lưu giữ nhiều giá trị lịch sử-văn hoá-kiến trúc bậc nhất của thành phố, bao gồm những công trình tiêu biểu như Thảo Cầm Viên Sài Gòn, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh, Đền thờ các vua Hùng và Trường THPT công lập Trưng Vương.